Boğaziçi Üniversitesi'nde yaşanan yönetim değişimi sonrası üniversite içerisinde pekçok muhalifin başlattığı protesto gösterileri yaşanmıştı. Prof. Dr. Melih Bulu'nun bu göreve atanmasına tepki gösteren bazı akademisyon, öğrenci ve siyasi partiler üniversitede protesto gösterileri düzenliyordu.

Aradan geçen 8 ayın ardından YÖK'ün de tavsiyesiyle geçen ay Prof. Dr. Melih Bulu, Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle görevden alındı. Yerine ise velaketen Bulu'nun yardımcısı olarak görev yapan Mehmet Naci İnci atanmıştı.

Son Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile birlikte Prof. Dr. Mehmet Naci İnci, Boğaziçi Üniversitesi Rektörlüğüne atandı.